תכנית לימודי מוסמך בניהול וארגון מערכות חינוך - תואר שני מחקרי עם תזה, נועדה להקנות הכשרה אקדמית מחקרית ויישומית למתעתדים לשמש כחוקרים וחוקרים-יישומיים בזירה החינוכית.
ההכשרה מושתתת על רכיב עיוני-תיאורטי ועל רכיב יישומי, המשקפים את צורכי המערכת, כמפורט להלן:
לספק ללומד ידע תיאורטי-מחקרי עדכני בתחומי ניהול בכלל ובתחומי מנהל החינוך בפרט.
לפתח בקרב הלומדים יכולות להנהגה ולניהול של בתי ספר כארגוני חינוך אפקטיביים, הפועלים בסביבה מתפתחת ומשתנה, המבוססת וניזונה מידע וממתודות שמקורן במחקר.
להעמיק ולהרחיב את הבנתם של הלומדים בערכים, מגמות וסוגיות המשפיעים על בית הספר בפרט, ועל ההוויה החינוכית בכלל.
לפתח בקרב הלומדים תפיסת תפקיד ניהולית אשר תתפתח ותעמיק לאורך כל שלבי התפתחות הקריירה שלהם.
לפתח בקרב הלומדים דפוסי התנהגות ומיומנויות של למידה מתמדת ומתמשכת, כאשר במסלול המוצע הדגש הוא על חקר ומחקר אקדמי, לקראת המשך לימודים לתואר שלישי למעוניינים בכך.